Pri majhnih otrocih je v primeru hormonske nenormalnosti zdravljenje lahko sestavljeno iz injekcij Testosteron, katerega odmerjanje in pravilnost določi endokrinolog. To dobro upoštevano zdravljenje poveča velikost penisa. Kadar mikropenis povzročijo tkiva penisa, ki so neobčutljiva na testosteron, to hormonsko zdravljenje nima učinka.

Prej ko se odkrije mikropenis, hitreje bo zdravljenje uvedeno, bolj učinkovito bo. Zdravljenje bo morda potrebno tudi okoli pubertete. Po puberteti hormonsko zdravljenje ni več učinkovito, ker tkiva ne reagirajo več enako.

Kirurško zdravljenje mikropenisa     

V odrasli dobi, ko mikropenis ni bil zdravljen ali ko zdravljenje ni bilo dovolj učinkovito, se operacija mogoče. Vendar pa ne daje vedno prepričljivih rezultatov.

Odsek ligamenta suspenzivno penisa, ki gre od penisa do pubisa, se lahko ponudi. Na noben način ne spreminja penisa, ampak ga delno loči od pubisa, zaradi česar je videti daljši. Ugotovljeno povečanje je 1 do 2 cm v ohlapnem stanju in 1,7 cm v erekciji. To podaljšanje je doseženo za ceno nestabilnega erektiranega penisa, saj je slabše pritrjen na pubis, kar lahko oteži penetracijo.

THEavtologna injekcija maščobe vključuje injiciranje subjektove maščobe pod kožo njegovega penisa. To nikakor ne podaljša penisa, ampak ga vizualno naredi debelejšega. Telo sčasoma ne absorbira le dela nanesene maščobe (od 10 do 50 % odvisno od subjekta). Resorpcija je lahko neenakomerna in vodi do videza "rožnega venca" penisa.

Mikropenis ima lahko pomembne psihološke posledice, zlasti v mladostništvu, pomembno je, da se človeku pomaga in upošteva njegove dvome.