Simptomi se pojavijo med 10 in 15 dni po ugrizu okužene žuželke. Nekatere vrste malarijskih parazitov (Plazmodij vivax et Ovalni plazmodij) lahko ostanejo neaktivni v jetrih tedne ali celo mesece, preden se pojavijo prvi znaki.

Za malarijo so značilni ponavljajoči se napadi, ki obsegajo tri faze:

• mrzlica ;
• Glavoboli ;
• Utrujenost in bolečine v mišicah;
• Slabost in bruhanje;
• Driska (občasno).

Uro ali dve uri kasneje:

• Visoka vročina;
• Koža postane vroča in suha.

Nato telesna temperatura pade:

• Obilno znojenje;
• Utrujenost in šibkost;
• Prizadeta oseba zaspi.

Okužbe z malarijo P. vivax in P. ovale se lahko ponovijo nekaj tednov ali celo mesecev po prvi okužbi, tudi če je bolnik zapustil območje okužbe. Te nove epizode so posledica "mirujočih" jetrnih oblik.